Graphviz - Инструмент для визуализации графов

[Hogfather]

3^http://aspirantura.spb.ru/forum/picture.php?albumid=36&pictureid=979 | Внимание![BR]Автор темы совместно с Администрацией портала просит писать в эту тему только относящееся к Graphviz. Благодарности, разговоры о погоде, искромётный юмор будут безжалостно удаляться. Все "чмоки", пожалуйста, во флейме. Надеюсь на понимание.



Пример дерева решений, построенного с помощью Graphviz. Использовалось для иллюстрации в теме (http://aspirantura.spb.ru/forum/showthread.php?t=12208&page=18).
http://aspirantura.spb.ru/forum/picture.php?albumid=111&pictureid=1382


1. Устанавливаем программу
2. Создаем файл test.dot

digraph dtree {
node [fontsize=8, shape=box];

snake [label="Встретили змею?", style=filled, fillcolor=grey89];
snakeNo [label="p=0,9 (Нет)\n---------\nЗмею не встретили!", shape=plaintext];
snakeNo1 [label="p=0,9\n---------\np*2000*50=90000", style=filled, fillcolor=green];
gender [label="p=0,1 (Да)\n---------\nЭто была девочка?", shape=plaintext];
boy [label="p=0,4 (Мальчик)\n---------\nИспугался?", shape=plaintext];
girl [label="p=0,6 (Девочка)\n---------\nИспугалась?", shape=plaintext];
boyRY [label="p=0,1 (Испугался)\n---------\nУбежал в истерике", shape=plaintext];
boyRun[label="p=0.1*0.4*0.1=0.004\n---------\np*(-10000)*50=-2000", style=filled, fillcolor=red];
boyRN [label="p=0,9 (Не испугался)\n---------\nСтал дразнить?", shape=plaintext];
boyStripN [label="p=0,5 (Нет)\n---------\nНе стал дразнить", shape=plaintext];
boyStripN1 [label="p=0.1*0.4*0.9*0.5=0.018\n---------\np*2000*50=1800", style=filled, fillcolor=green];
boyStripY [label="p=0,5 (Да)\n---------\nЗмея кусила?", shape=plaintext];
boyBiteY [label="p=0,5 (Да)\n---------\nУкусила!", shape=plaintext];
boyBiteN [label="p=0,5 (Нет)\n---------\nПобрезговала", shape=plaintext];
boyBiteN1 [label="p=0.1*0.4*0.9*0.5*0.5=0.009\n---------\np*2000*50=900", style=filled, fillcolor=green];
boyBiteY1 [label="p=0.1*0.4*0.9*0.5*0.5=0.009\n---------\np*(-100000)*50=-45000", style=filled, fillcolor=red];

girlRY [label="p=0,9 (Испугалась)\n---------\nУбежала в истерике", shape=plaintext];
girlRun[label="p=0.1*0.6*0.9=0.054\n---------\np*(-10000)*50=-27000", style=filled, fillcolor=red];
girlRN [label="p=0,1 (Не испугалась)\n---------\nСтала дразнить?", shape=plaintext];
girlStripN [label="p=0,5 (Нет)\n---------\nНе стала дразнить", shape=plaintext];
girlStripN1 [label="p=0.1*0.6*0.1*0.5=0.003\n---------\np*2000*50=300", style=filled, fillcolor=green];
girlStripY [label="p=0,5 (Да)\n---------\nЗмея кусила?", shape=plaintext];
girlBiteY [label="p=0,5 (Да)\n---------\nУкусила!", shape=plaintext];
girlBiteN [label="p=0,5 (Нет)\n---------\nПобрезговала!", shape=plaintext];
girlBiteN1 [label="p=0.1*0.6*0.1*0.5*0.5=0.0015\n---------\np*2000*50=150", style=filled, fillcolor=green];
girlBiteY1 [label="p=0.1*0.4*0.9*0.5*0.5=0.0015\n---------\np*(-100000)*50=-7500", style=filled, fillcolor=red];

snake -> snakeNo [arrowhead=none];
snakeNo -> snakeNo1 [arrowhead=none];
snake -> gender [arrowhead=none];
gender -> boy [arrowhead=none];
gender -> girl [arrowhead=none];
boy -> boyRY [arrowhead=none];
boyRY -> boyRun [arrowhead=none];
boy -> boyRN [arrowhead=none];
boyRN -> boyStripN [arrowhead=none];
boyRN -> boyStripY [arrowhead=none];
boyStripY -> boyBiteY [arrowhead=none];
boyStripY -> boyBiteN [arrowhead=none];
boyBiteN -> boyBiteN1 [arrowhead=none];
boyStripN -> boyStripN1 [arrowhead=none];
boyBiteY -> boyBiteY1 [arrowhead=none];

girlRY -> girlRun [arrowhead=none];
girl -> girlRN [arrowhead=none];
girl -> girlRY [arrowhead=none];
girlRN -> girlStripN [arrowhead=none];
girlRN -> girlStripY [arrowhead=none];
girlStripY -> girlBiteY [arrowhead=none];
girlStripY -> girlBiteN [arrowhead=none];
girlBiteN -> girlBiteN1 [arrowhead=none];
girlStripN -> girlStripN1 [arrowhead=none];
girlBiteY -> girlBiteY1 [arrowhead=none];
}


Как видите, язык достаточно простой, если кому-то нужно готов создать отдельную тему по этому.

3. В каталоге, где расположен файл запускаем команду dot test.dot -Tpng -o test.png
4. ...
5. PROFIT!



Подробная инструкция на русском языке (http://lib.custis.ru/Graphviz)

Если есть вопросы, готов попробовать ответить.

[Котова]

Можно же оформить примерно так:
Graphviz — это разработанный специалистами лаборатории AT&T пакет утилит по автоматической визуализации графов, заданных в виде текстового описания. Пакет распространяется с открытыми исходными файлами и работает на всех операционных системах, включая Windows, Linux/Unix, Mac OS. Самой интересной программой пакета является «dot», автоматический визуализатор направленных графов, который принимает на вход текстовый файл со структурой графа, а на выходе формирует граф в виде графического, векторного или текстового файла.

Ситуация: человек встречает змею и варианты развития событий представлены на блок-схеме по теории вероятности.

А вы что написали?

[Дмитрий В.]

Ситуация: человек встречает змею и варианты развития событий представлены на блок-схеме по теории вероятности.
Котова, в теме про пользу педагогического образования (sic!) даны условия задачи.

[Hogfather]

Котова, у каждой темы есть цель. Цель этой темы -- дать представление об инструменте визуализации графов, а не решение задач про змей и детей. Копипастить википедию мне не интересно, Вы вот сходили по ссылке, не обломались и поняли, что это и с чем это едят.

На самом деле, очень многие вещи нарисовать таким образом гораздо проще, чем мышкой в графическом редакторе, а учитывая, что среди результирующих форматов есть SVG, то картина становится вообще радостная. Я использовал этот пакет для иллюстраций к статьям и диссертациям. Мой младенец рисовал топологию сети по курсовику. Но я сильно глубоко внутрь, как в GNU R, не залазил, поскольку задачки решал локальные. Поэтому и написал, что попробую ответить. А компетенции... Компетенции дело наживное, когда то их вообще не было и если только ими ограничиваться, то скоро кота кормить не на что будет.

Во вложении другой вариант того же графа, он сделан горизонтально и ранжирован.

digraph dtree {rankdir=LR;
node [fontsize=12, shape=box];
{ /* шкала месяцев*/
node[shape=plaintext]; /* что бы не было видно рамок */
edge[color=white] /* что бы не было видно стрелок */
"змея" -> "испуг" -> "убежал" -> "дразнит"-> "дразнит"->"кусила"-> "результат";
}
{ rank = same; "змея"; "snakeNo"; "gender"; }
{ rank = same; "испуг"; "boy"; "girl"; }
{ rank = same; "убежал"; "boyRY"; "girlRY"; }
{ rank = same; "результат"; "snakeNo1"; "boyRun";"boyStripN1"; "girlRun";"girlStripN1";}
snake [label="Встретили змею?", style=filled, fillcolor=antiquewhite;shape=ellipse];
snakeNo [label="p=0,9 (Нет)\n---------\nЗмею не встретили!", shape=plaintext];
snakeNo1 [label="p=0,9\n---------\np*2000*50=90000", style=filled, fillcolor=darkolivegreen1];
gender [label="p=0,1 (Да)\n---------\nЭто была девочка?", shape=plaintext];
boy [label="p=0,4 (Мальчик)\n---------\nИспугался?", shape=plaintext];
girl [label="p=0,6 (Девочка)\n---------\nИспугалась?", shape=plaintext];
boyRY [label="p=0,1 (Испугался)\n---------\nУбежал в истерике", shape=plaintext];
boyRun[label="p=0.1*0.4*0.1=0.004\n---------\np*(-10000)*50=-2000", style=filled, fillcolor=coral];
boyRN [label="p=0,9 (Не испугался)\n---------\nСтал дразнить?", shape=plaintext];
boyStripN [label="p=0,5 (Нет)\n---------\nНе стал дразнить", shape=plaintext];
boyStripN1 [label="p=0.1*0.4*0.9*0.5=0.018\n---------\np*2000*50=1800", style=filled, fillcolor=darkolivegreen1];
boyStripY [label="p=0,5 (Да)\n---------\nЗмея кусила?", shape=plaintext];
boyBiteY [label="p=0,5 (Да)\n---------\nУкусила!", shape=plaintext];
boyBiteN [label="p=0,5 (Нет)\n---------\nПобрезговала", shape=plaintext];
boyBiteN1 [label="p=0.1*0.4*0.9*0.5*0.5=0.009\n---------\np*2000*50=900", style=filled, fillcolor=darkolivegreen1];
boyBiteY1 [label="p=0.1*0.4*0.9*0.5*0.5=0.009\n---------\np*(-100000)*50=-45000", style=filled, fillcolor=coral];

girlRY [label="p=0,9 (Испугалась)\n---------\nУбежала в истерике", shape=plaintext];
girlRun[label="p=0.1*0.6*0.9=0.054\n---------\np*(-10000)*50=-27000", style=filled, fillcolor=coral];
girlRN [label="p=0,1 (Не испугалась)\n---------\nСтала дразнить?", shape=plaintext];
girlStripN [label="p=0,5 (Нет)\n---------\nНе стала дразнить", shape=plaintext];
girlStripN1 [label="p=0.1*0.6*0.1*0.5=0.003\n---------\np*2000*50=300", style=filled, fillcolor=darkolivegreen1];
girlStripY [label="p=0,5 (Да)\n---------\nЗмея кусила?", shape=plaintext];
girlBiteY [label="p=0,5 (Да)\n---------\nУкусила!", shape=plaintext];
girlBiteN [label="p=0,5 (Нет)\n---------\nПобрезговала!", shape=plaintext];
girlBiteN1 [label="p=0.1*0.6*0.1*0.5*0.5=0.0015\n---------\np*2000*50=150", style=filled, fillcolor=darkolivegreen1];
girlBiteY1 [label="p=0.1*0.4*0.9*0.5*0.5=0.0015\n---------\np*(-100000)*50=-7500", style=filled, fillcolor=coral];

snake -> snakeNo [arrowhead=none];
snakeNo -> snakeNo1 [arrowhead=none];
snake -> gender [arrowhead=none];
gender -> boy [arrowhead=none];
gender -> girl [arrowhead=none];
boy -> boyRY [arrowhead=none];
boyRY -> boyRun [arrowhead=none];
boy -> boyRN [arrowhead=none];
boyRN -> boyStripN [arrowhead=none];
boyRN -> boyStripY [arrowhead=none];
boyStripY -> boyBiteY [arrowhead=none];
boyStripY -> boyBiteN [arrowhead=none];
boyBiteN -> boyBiteN1 [arrowhead=none];
boyStripN -> boyStripN1 [arrowhead=none];
boyBiteY -> boyBiteY1 [arrowhead=none];

girlRY -> girlRun [arrowhead=none];
girl -> girlRN [arrowhead=none];
girl -> girlRY [arrowhead=none];
girlRN -> girlStripN [arrowhead=none];
girlRN -> girlStripY [arrowhead=none];
girlStripY -> girlBiteY [arrowhead=none];
girlStripY -> girlBiteN [arrowhead=none];
girlBiteN -> girlBiteN1 [arrowhead=none];
girlStripN -> girlStripN1 [arrowhead=none];
girlBiteY -> girlBiteY1 [arrowhead=none];

}

[Котова]

Hogfather маленько про синтаксисы поясните)

[Hogfather]

Hogfather маленько про синтаксисы поясните)

В принципе, по ссылке достаточно подробно все расписано, но давайте попробую.

Нужно представить, что хочешь нарисовать и нарисовать, связав вершины с помощью стрелочек, как показано ниже.
Для этого запускаем программу gvedit из папки Graphviz в меню пуск.
В окно копируем текст

digraph G{
Адам->Каин
Адам->Авель
Адам->Сиф->Енос
}


Нажимаем на самую правую иконку бегущего мужика и получаем:

http://aspirantura.spb.ru/forum/picture.php?albumid=111&pictureid=1385

Дальше лучше попробовать прочитать краткое описание (http://lib.custis.ru/Graphviz) по ссылке, там есть про синтаксис, и попробовать решить свою задачу, если он не будет получаться, то задать вопрос. Если вершина будет словосочетанием, то заключаем название в двойные кавычки: "Типа, вершина 1"->"Типа, вершина 2". Если нужно сделать перенос строк, то используем спецсимвол переноса строки "\n". Он используется, если внимательно посмотреть, в примере с детьми и змеями. Будет что-то вида "Типа\nвершина 1". Можно вершинам присваивать имена, а текст задавать в квадратных скобках, как атрибут label.
В вышеприведенном примере есть, например
snake [label="Встретили змею?", style=filled, fillcolor=antiquewhite;shape=ellipse];
Таким образом мы описали узел snake с текстом внутри "Встретили змею?", закрашенный (style=filled), задали цвет (fillcolor=antiquewhite) и сказали, что это эллипс (shape=ellipse).
Далее, внизу мы уже рисуем связи и задаём ребра графа.
snake -> snakeNo [arrowhead=none];
snake -> gender [arrowhead=none];

Вот этот arrowhead=none, на самом деле, лишнее. Можно было вверху задать общий признак всех ребер edge[arrowhead=none]; и не мучатся.
Где-то так.

Есть ложка дёгтя. Эта чудо-программа не понимает русские имена в каталогах и файлах, поэтому рекомендую создать папку с именем на английском языке в корне диска и там уже резвиться. Настройки по формату выходного файла можно получить нажав на пиктограмму мужика, бегущего с документом (вторая справа).

Либо, как я, пользоваться командной строкой для запуска парсера, тогда всё равно, где находятся файлы.

Еще одно описание, в котором , в частности, рассказывается про то, как сделать перенос строк и разные цвета в метке узла.

Введение в GraphViz (http://linuxshare.ru/docs/misc/graphviz.html)

[Бокар]

Как создать маршрутизатор межу двумя любыми узлами?
Как выделить все вышестоящие узлы с ребрами, идущими от заданного узла?
Как выделить все нижестоящие узлы с ребрами, идущими от заданного узла?
Можно ли его создать, используя возможности самой программы DOT, или надо
привлекать другие языки и программные средства?