Писать, как есть — они могли документы переделать, наделать кучу «дочек» и т. п.

Не соглашусь про "дочек"!
Тогда у вас будет в списке литературы свистопляска, то
"Издательско-торговая корпорация "Дашков и Ко",
то
"ИТК "Дашков и Ко",
то
"Дашков и Ко".

Кстати, ПОЛНОСТЬЮ НИКТО НЕ ПИШЕТ, т.е. вы же не пишите в названии издательства организационно-правовую форму?!
ООО "Издательство "..."
Я оставляю самый короткий вариант, по которому можно идентифицировать контору, т.е. в моем случае "Дашков и Ко", никаких "торговых домов", слов "издательство" и прочего безобразия.
Как говорится, ростовский Феникс, он и в Африке Феникс, а никакое не "Издательство Феникс" или "ФЕНИКС".

Понимаю, что никто это проверять не будет, сличать с оригинальными книгами тем более, но просто хочется сделать всё, как положено.
Но, вероятно, толком не знает никто является ли это ошибкой...

zesar@mail.ru, у «Дашков» и «Дашков и Ко.», как правило, разные блоки ISBN. Так что...

Пишите ИНФРА-М, у них большинство юрлитературы именно так и пишется. Кстати их дочки Тот же КОНТРАКТ, НОРМА), они все большими пишутся, я думаю, это их позиция.

Это предусмотрено обоими ГОСТами, и 2003, и 2008.
Причем даже кавычки опускаются.

Дашков и Ко
Дашков
Феникс

Обращают ли в совете или ВАКе внимание на неточности в оформлении библиографии?
Библиографии работы начал 2000х оформлены гораздо проще.

Если вместо номера указано Issue, то как оформлять

Yousef Mohamad, K. Identification and characterisation of coding tandem repeat variants in IncA gene of Chlamydophila pecorum [Text] / K. Yousef Mohamad, A. Rekiki, G. Myers , P.M. Bavoil , A. Rodolakis // Vet. Res. – 2008. – Vol. 39, Iss. 6. – P. 56.
так можно или как выше оформить вместо Iss. написать №?

lkjhyou, тогда уж «Вып. 6».

но ссылка на английском?

lkjhyou, тогда «Iss. 6».