Но все зависит от степени упертости ученого секретаря. Мне, например, вообще неоднократно доводилось подавать списки трудов без ксероксов страниц статьи - верили на слово

Если журнал представлен с обложкой и содержанием вообще не проблема. Т.к. советы для защиты принимают в большей своей части только оттиски (т.е. ксерокопию с обложкой, содержанием и вашей статьей). У меня тоже не было при защите некоторых экз. журналов с моими статьями на руках, только оттиски (в том числе полученные путем распечатки из экз. присланных редакцией в формате пдф) проблем с этим нет.Но не потому что не высылали, наоборот, и не один раз, из-за «прекрасной» работы нашей почты. Одна редакция высылала авторские 2-х журналов, в том числе один из которых из списка, второй менее известный отраслевой, и найти его в библиотеках периферийных вузов практически не возможно, 4 раза, но увы…

В итоге, получается, можно pdf представить секретарю? Или, как вариант, "скан" с обложкой, содержанием и статьей?

Все зависит от секретаря - надо уточнять у него. В отдельных местах признаются только бумажные варианты

А если нет физической возможности получить оригинал бумажный, то будет ли иметь юридическую силу заверенный ВУЗом скан статьи?

Самодурство можно встретить всякое
Обычно хватает отсканированного или ксерокопированного варианта

Вы понимаете, Ваш вопрос из разряда "а поставят ли мне пятерку на экзамене"? Ответ на такие вопросы может быть только один - а фиг его знаете, спрашивайте у того, кто принимает документы. Мы можем сослаться только на свой опыт, в Вашей организации традиции (подкрепленные внутренним регламентом) могут быть совершенно другими

А если моего журнала нет на сайте eLibrary? Т.е. сам журнал (ваковский) есть, но номера не опубликованы. Даже аннотации. И на сайте нет. Пописка ок. 1200 руб. стоит.

У меня вопрос! А что статьи тоже в ВАК отсылают? Я не знала. У меня их больше 100. Но многие статьи очень старые. Еще в 90-х были напечатаны. И не все у меня сохраниились. Что тогда делать?

Нет. В случае с кандидатской даже текст диссертации туда первично не идет. ВАК смотрит список публикаций в автореферате, который контролирует ученый секретарь Совета (он и несет ответственность за соответствие списка действительности). Вот если вызовут (не дай Бог) - может возникнуть необходимость везти публикации. Но если их больше 100 - хватит основных.
Если достать сборник/журнал и откопировать/взять интернет-страницу с оглавлением нет возможности - либо забыть про них, либо рассчитывать, что ученый секретарь поверит на слово. Это возможно, вероятно, только если Вы с ним работаете, к примеру, на одной кафедре.