защита будет в другом диссовете. Еще раз спасибо за ссылку про присоединение институтов к МГУ,
пожалуй, придется страховаться, не рассчитывал, что разные институты могут запихнуть в один большой мешок

что значит "в один большой мешок".
Институт понятие растяжимое, в данном случае в качестве института университета - он имеет значение факультета. И не более того.
Подразделение университета.
Если бы его выделили в отдельный вуз/нии, как в свое время МФТИ из МГУ выделили, сделали самостоятельным юрлицом, дали самостоятельную лицензию - тут один вопрос.....
А так - какой вопрос?
Отдельным институтом это никогда и не было. Просто привели в соответствие с нормативно-правовой базой и все.....