25 часов если соискательство по подготовке диссертации

Зависит от вуза и статуса самого руководителя. Возможно - ничего. Возможны те или иные карательные меры (напр., не давать больше бюджетных мест в аспирантуру). Но надо понимать, что стопроцентного выхода защитившихся диссертантов быть не может. Разумный отсев никак не отражается на руководителе в большинстве нормальных организаций.
Когда я был аспирантом - вроде бы часть платы шла НР (что-то около 8 тыс. руб. за одного платника в год при общей стоимости аспирантуры в 20 тыс. руб.). Сейчас - по-разному, во многих организациях тенденция с ППС внебюджетными деньгами не делиться в принципе.

50 часов, и всё.

да, платят, только не 50 часов, а 25. Консультации докторанта -- 50.

Моему консультанту за докторанта - 80 часов в год.
Но есть один хитрый нюанс! Так как зачисление докторанта идет обычно в декабре, то первый год он в план нагрузки включить не смог (она уже в сентябре сформирована). С включением часов за последний год тоже проблема: отчисление в декабре будет, поэтому в годовую нагрузку включить 80 часов пока не получается. Таким образом, из фактически 3 лет консультирования в план (читай - оплату) попадает только два.

Не вижу проблемы. В план можно и не включать, но в фактически отработанные часы нагрузку включить следует.

Включить, конечно, можно. Оплату производить не будут, т.к. сверх плана... Увы...

Ну да, сейчас же убрали почасовые:(