Приказ вступает в силу 1 января 2014 года, значит те, кто поступит в этом году, будут доучиваться по старым "правилам игры"?

Видимо, да. Эти правила должны распространятся на тех, кто поступит уже осенью 2014.
Но это, если по закону. Есть случаи, когда людей, учившихся по 5-тилетней системе специалитета, на 4-ом курсе экстренно переводили в бакалавриат, не взирая на то, что у некоторых платников плата была внесена за два года. :)
Так что, как удобно порой говорить, перегибы на местах.

Их переводили в бакалавриат только для того, чтобы этому бакалавриату аккредитацию пройти.

Ну в общем-то это второй вопрос для чего это делалось, главное - факт, что людям, поступавшим на специальность, после 4-го курса спокойно выдали дипломы бакалавра и были таковы.

Обратной силы закон ведь не имеет, на поступавших до это распространяться не должно, я правильно понимаю?

Они спокойно могли отсудить свои деньги, ведь налицо вопиющее нарушение, к тому же массовое.

уж не соискательство ли это такое извращенное

Соискательство похоже вообще ликвидируют, зато появилась вечерняя (очно-заочная) аспирантура. Что указывает на то, что аспиранты будут не диссер писать и науку двигать, а сидеть еще 3 или 4 года за школьной скамейкой.

Поскольку приказ вступит в силу 1 января 2014, то и Положение о порядке присуждения учёных степеней (буде такое родится, а я думаю, что родится), введут в действие с этой же даты. Т.е. если защищаться, то только до истечения 2013 года, по еще старому Положению.

По идее, поступившие в 2014 г. по старому Положению должны и доучиваться по старому положению (как сейчас доучиваются на специалитете, хотя набора уже нет). Isn't it?