Вот человек, только поступает, а уже официальны приказы Минобра изучил. Серьезный шаг.
По теме: я не думаю, что для магистерской работы вполне можно использовать бакалаврскую. В самом страшном случае, придется сделать выписку на то, что это кусок вашей предыдущей работы (антиплагиат дает такую возможность) и смело стойте на своем. Более того это действительно можно рассматривать как шаг к диссертации.

Вернее, исключить свою предыдущую работу из списка документов и пересчитать, если

в процессе этого ничего не будет болеть...