[B]
Для этого в деле надо оставлять некоторые объяснительные, или оправдательные документы.
То есть в деле надо четко зафиксировать: какой научный руководитель был назначен изначально, факт смерти НР, факт назначения нового НР (консультанта) в связи со смертью предыдущего.
Как праило это должна быть подборка выписок соответствующих решений. Также можно и в протоколе это отразить в разделе "вступительное слово ученого серетаря", который тоже "скажет": Научный Руководитель - проф. Иванов И.И. Научный консультант проф. Смирнов В.В. назначен с 02.09.08 в связи со смертью НР.
По-любому без НР даже чисто формально на защиту выйти нельзя - кто-то должен подписывать.
Здравая идея в том, чтобы НК было назначено лицо все-же имеющее некоторое отношение к диссертации/кафедре. Завкаф. - не самый плохой выход. Неплохо таже чтобы этот НК также выступил на защите и еще раз обозначил факт смерти НР, обозначил что при старом НР было сделано и что при нем и какую роль он играл.

Я не думаю, что если в деле четко указано что изначальный НР умер и назначен вместо него НК, что могут быть какие-то проблемы в ВАКе. Ну не сидят же там совсем неадекватные люди.

Ничего в этом не вижу страшного! Причем здесь ВАК? Знаю человека который также защищался. У него умер руководитель (был весомый человек в науке, член-корр.), а работа у аспиранта на этот момент была очень слабая. Так все решили, что пока будет новый руководитель, пока доделают работу и т.д. - уйдет куча времени. И он решается (естественно, посоветовавшись:)) на защиту с очень слабым диссером. И что вы думаете? Все проходит на ура, в свете "памяти великого человека" и его последнего аспиранта. Никто слова не сказал плохого о работе. Вот так. И вообще, я смотрю, вызов в ВАК оцень часто связан либо с переферией (не с Москвой, где многие их научного мира знают тех, кто в ВАКе, или знают как на них выйти), либо не очень "известного" руководителя. Интересно, у кого руководитель - член.-корр. РАН тоже вызывают в ВАК? :)

владеете статистикой?

У академической публики аспирантов, как правило, очень мало.