Хм... зачем конспектировать. Я не дочитавши сразу подумал что вы запоминаете все сотни публикаций (и сразу подумал феноменальная память). У меня вот какая ситуация. У меня материала было предостаточно, но это были документы публицистика ну и преса (около 60 % фактологического наполнения). Таким образом появилась диссертация. В последнее время (в последн. месяцы аспирант.) появились монографии и более научные публикации. Так не знаю, что "вкрапывать" какие то мысли на основе нового материала в уже готовый текст, или более серьезно перерабатывать текст, ибо понимаю, что на основе таких монографии можно было сделать совсем другой текст. А они должны были проанализированы в первую очередь в начале работы над дисером.

А я беру тетрадку и туда все интересное записываю с указаниями страниц. Потом если что-то получается, свожу все в печатном тексте.
Получается медленно, но зато вникаешь во все что интересно достаточно глубоко.

Как способ тоже использую, только записываю в сокращенном варианте (напр. функции. С.12, 54; классификация С. 89 и т.д.) и применяю только к источникам в электронном варианте. Легче работать с бумажными носителями. Раскладываю книги или ксерокопии по определенной маленькой теме в рамках проблемы вокруг моего стола, выделяю нужную мысль карандашом или закладкой. После прочтения всей литературы (здесь главное не переборщить с количеством материала, чем больше - тем хуже, и лучше обращаться к первоисточнику!!!, на который все потом ссылаются) (и ещё, читать всё надо быстро, но вдумчиво, чтобы уловить главное, обычно уходит 2-3 дня по несколько часов), итак после прочтения выкладываю всю литературу в порядке важности или группирую на более мелкие темы. Составляю сокращенный план "формулирования мыслей" на черновике. Затем по плану использую отмеченную ранее литературу в единый текст. Результат отменный. Зразу видно кто у кого, когда и сколько стырил, а некоторые даже и не ссылаются!!! Секрет раскрыт!