В итоге-то, как указать название института, если она было переименовано в 2007 г.- указать по-новому? (потому как в ВАКе не будут знать разные это организации или одна и та же)

Не парьтесь. Если уж и будут проблемы, то не из-за изменения названия Вашего ООО, а из-за самого факта, что вы не являетесь научно-педагогическим работником.

Да сейчас и этих проблем не должно быть, учитывая общую спешку с утверждением.

Не скажите, не скажите. Что-то результатов этой спешки не видать.

Что лучше: если в личном листке стоит работа в ВУЗе как: программист или как ассистент? Все же нужно, чтобы была работа указана как преподаватель и как минимум за 1-2 года до защиты (а не этой осенью, например)?

Лучше - ассистент. Программист - это не категория научно-педагогических работников. Заглядывал в параллельную ветку - в Вашем варианте, т.к. совместительство в одной и той же организации, указание комбинации основной работы - программист + ассистент совместитель будет оптимальным.

а если в отделе кадров будут настаивать на указании почасовик вместо совместитель, то является ли это критичным?

Все же лучше указать ассистент-совместитель вместо ассистент-почасовик или они равнозначны для ВАКа?

Не... ну дело явно подвинулось. Видать, хоть и на горизонте.

Целых 15 новоиспеченных кандидатов, а в год защищается 30000 тысяч.
(30000/15=2000 недель, при том что в году всего их 52):D

Например, так