MindManager и его аналоги (XMind, freeMind) не годится? Я своих студентов на него нацеливаю...

Нет. Сотню-полторы-две источников удобнее перемешивать и отбирать на столе, видя все, нежели поодиночке тыкать и вспоминать - про что это. Один знакомый еще и цветом их маркировал.

Ну, на нет и суда нет. На мой взгляд, трудоёмкость процесса падает, поскольку древовидную структуру легко перевести в иерархический список (стандартный функционал этих программ), каркас будущей работы. Впрочем, на универсальность рекомендаций я не претендую. Некоторым нравится такой подход, некоторым нет.

Вообще-то, Тони Бьюзен при создании ментальных карт это даже рекомендует.

Для меня главное - обозримость. При большом (например, от 100) количестве карт этого нет.

Добавлено через 1 минуту
Снова - обозримость. Красный - первая, желтый - вторая, синий - третья, зеленый - четвертая, черный - фиг его знает, куда, но слова хорошие

(недоуменно) А мы о чём? Какие 100 карт? Одна большая разухабистая интеллект-карта на проект, Drill down и всё такое...

Forsmagor, вам мудрые очень советы дают.
Но не проще ли как-то набросать план диссертации начать обрабатывать собранный материал по отдельным направлениям, по-старинке.
Просто начните писать с одной какой-то проблемы, хоть с ее середины, хоть с начала, хоть с расчетов...
Просто начните набивать текст в рамках выбранной темы, части исследования

100 источников. Не обозреть.

kravets, уточняющий вопрос можно? Я Вас правильно понимаю? Попробую сформулировать.
Бумажные карточки A6 с цитатами и библиографическими ссылками, цветовой маркировкой и используем метод диаграммы сродства?

А по-подробнее можете рассказать суть такого метода подготовки доклада?

Э.... Вот про метод - не знаю, в остальном примерно так. Скорее, не цитаты (это утомительно), а "про что и где".

Формат карточки несущественен.

Добавлено через 58 секунд
Обычно для защиты готовится презентация или плакаты - иллюстративный материал. Вот этот материал печатаете в А4, вешаете в порядке следования на шторы на уровне глаз, и отрабатываете доклад. Все просто.