Они действительно "там и есть". По умолчанию - на системном диске С: (в папке вида "C:\Documents and Settings\<имя пользователя>\Мои документы"), что чревато проблемами при возможном крахе операционной системы.

Поэтому рекомендуется выделить на жёстком диске отдельный логической раздел под документы, а потом переназначить папку "Мои документы" на этот раздел.

jabref.sourceforge.net. Начинаете вести каталог статей, которые вы скачиваете и читаете. В поле keywords вносите ключевые слова (это и есть ваши термины). В поле abstract вносите аннотации, в поле review -- конспект.
1) пометив нужные статьи словом синкретичность, вы при помощи поиска в этой программе найдете статьи с ним. Также по ходу дела научитесь пользоваться шаблонами для поиска и, возможно, языком регулярных выражений: en.wikipedia.org/wiki/Regexp.
2) пользуйтесь поиском по шаблону цит. по Иванов... в тексте своих статей.
3) по наличию ссылок на книгу в тексте своих статей. Кроме того, используя для набора текстов программу latex, вы сможете вести поиск по уникальному ключу, который однозначно определяет источник цитаты.
4) при такой необходимости ставьте метки в комментариях, где указывайте дату новой записи. Например:
%01.01.2014.
Как писал Иванов с своей книге Синкреты...
%17.05.2016.
Петров писал, что...

P.S. Попытки вести каталог при помощи раскладывания по папкам на компе обрекают вас на использование иерархической структуры данных, тогда как вы явно говорите о сетевой: Эти параметры называются ключевые слова, или теги.

ivan866, спасибо! Надо же, какая старая тема всплыла. Посмотрю ваш вариант.