Ну и ладно. В любом случае действует правило "на момент публикации"

Коллеги, возник у меня такой вопрос: если у аспиранта есть публикация совместно с членом диссертационного совета (не с научным руководителем), могут возникнуть потом вопросы?

Вроде не должны. Много раз так было. Наоборот, ЧДС и в иконостас прописывали, и старались "посотрудничать"...