Хм.. Бумагу / краску трудно подобрать так, чтобы "незаметно" подменить 2 листа с формулировками. Если в ВАКе заметят подмену листов - думаю, может быть чревато проблемами (а теоретически ВАК может запросить оригинал, который где-то в ВУЗе лежит в первозданном виде)

У меня добавился один пункт в "новизну" и "личный вклад", и еще в одном поменялась формулировка.
Если в заключении останутся старые "новизна" и "личный вклад", а в тексте диссертации, автореферате, отзывах, заключении ДС и т.д. будут уже новые формулировки - не будет ли это поводом для ВАКа "завернуть" диссертацию?
Если конкретно, то смущает то, что в заключении организации "новизна" в применении известных методов в новой задаче, а во всех последующих документах - разработка своих методов. И как бы оценка новизны разная.

Терзают сомнения, как лучше поступить: перепечатать страницы, или оставить как есть

Не будет. Решает совет, а не организация.

Про оригинал в вузе слышу впервые, может только в моей шараге организации на это забивают. Делал 2 оригинала заключения, оба ушли аттестационные дела, в вузе про них и знать не знают.
P.s. Потом с ученым секретарём внесли мелкие правки в "оригиналы", не затрагивая страницу с подписями. В общем, мое непрофессиональное мнение- под лупой сей документ смотреть не будут.