Тут читается, что более или менее всё нормально. А далее Вы пишете:

Так кто накопал-то, если другие говорят о положительных моментах?

ведущая накопала

То есть сначала они сказали, что всё в порядке, а потом, через некоторое время сказали, что снова есть замечания?

Если не явный плагиат, можно и побадаться.
А так думать надо было раньше: и совет, и ведущую, и оппонентов поменять.

именно до предоставления к защите показала - сказали норм
а теперь пошло-поехало...

Ну тут вариантов два - или денег хотят, или по ним кто-то поработал. Провентилируйте аккуратненько.

если поработал - цель?
"гонения" на научника?
(я вроде никому не успела дорогу перейти)

Вам давно про это говорили.

Не Вы, а научник, например, не факт, но возможно. У меня на опыте был такой пример: девочку на предзащите круто гоняли из-за научника, поскольку он много диссертантов с близким содержанием диссертаций выводил на защиты. Вообще, иногда существует выбор из ряда ведущих организаций, если нет адекватного восприятия в одной, может появиться в другой...
А серьёзные замечания хотя бы, может попробовать исправить ещё немножко?

Люди и с отрицательными отзывами ведущих организаций успешно защищаются :cool: