Какой второй? Диплома бакалавра что ли? У нас вопрос решается просто - на 4 курсе все защищают курсовые, после чего те, кто хочет идти в магистратуру, получают дипломы бакалавра и поступают в магистратуру. Все остальные учатся дальше и через год получают диплом специалиста. При этом 5 курс полностью равен 1 году магистратуры с той лишь разницей, что магистранты не пишут диплом, а уходят дальше на 2 год магистратуры. Вот и все.

Один диплом бакалаврский, а второй - инженерный.
Зато теперь если и будут два диплома, то один бакалаврский, другой магистрский. Разницы никакой, на мой взгляд; другое дело, что теперь будем соответствовать требованиям ЕС ;)

Я закончил бакалавриат и специалитет, как и описал Zaurus. После 4 курса была бакалаврская работа (по сложности - курсовая), получили степень - бакалавра техники и технологии, потом пошло разделение: кто-то пошел в магистратуру (2 года), а кто-то закончил на инженера (1 год) и получили по второму диплому. Как нам объясняли, магистратура - тем кто идет в науку :), остальным - на инженера. Плюс в магистратуре, что выпускные экзамены по философии и ин.язу засчитывались, как вступительные в аспирантуру.
В настоящее время инженеров убрали по моей специальности.
Странным еще показалось, что в дипломе инженера указан срок обучения - один год : )))

Не то чтобы что-то заменяется, скорее Законом от 10.07.1992 № 3266-1 "Об образовании", Федеральным законом от 22.08.1996 № 125-ФЗ "О высшем и послевузовском профессиональном образовании" устанавливаются уровни высшего профессионального образования:
высшее профессиональное образование - бакалавриат;
высшее профессиональное образование - подготовка специалиста или магистратура.
Прием в высшие учебные заведения осуществляется отдельно по программам бакалавриата, программам подготовки специалиста и программам магистратуры (ч. 1 ст. 11 Федерального закона от 22.08.1996 № 125-ФЗ).
Лица, получившие документы государственного образца о соответствующем уровне высшего профессионального образования, подтверждаемого присвоением лицу квалификации (степени) "бакалавр", имеют право продолжить на конкурсной основе обучение по образовательной программе высшего профессионального образования - программе магистратуры (ч. 5 ст. 6 Федерального закона от 22.08.1996 № 125-ФЗ).
Еще о магистрах - постановление Госкомвуза РФ от 10.08.1993 № 42
"Об утверждении Положения о магистерской подготовке (магистратуре) в системе многоуровневого высшего образования Российской Федерации".
Из этого, как я понимаю, следует, что специалисты не должны обучаться по программе магистерской подготовки, только бакалавры.

За бюджетный счет - не должны. Только в формате второго высшего.

Ну мы же не о втором высшем говорили, а о первом, это разные вещи. О втором высшем, кстати, в этих нормативных актах тоже упоминается.

Как это правильно сказать, "по формальным признакам". У всех общее это учебные планы бакалавров. У инженеров и магистров планы разные. Потому, закончив специалитет нельзя приравнять к законченому 1 курсу магов.

Ну, если у Вас избыток преподавателей, желающих вести отдельные спецкурсы, то все может быть. У нас, например, этого не наблюдается.

Принципиальный вопрос: этот последний год после получения диплома бакалавра был ПЛАТНЫМ???

А оба варианта возможны? :)
Ибо год назад такой финт ушами (у нас) был бесплатен, а теперь - только за $.