Уважаемые коллеги, кто-нибудь знает, считается ли "полноценной" статья в издании ВАК, опубликованная в соавторстве со своим НР?

Да, но в перечене публикаций Вам надо будет указать Вашу долю в этой статье.

Вообще же лучше публиковаться без научного руководителя - в гуманитарных и социальных науках любят самостоятельные публикации

Подскажите, как правильно оформлять литературные источники в pdf- формате, если ссылка на документ отсутствует?

надо искать первоисточник pdf и уже ссылаться на него. Иначе (по-хорошему) никак.