Можно и не скан, а просто гиперссылку на Роскомнадзор http://rkn.gov.ru/ (на соответствующую страницу с инфой об вашем(их) журнале(ах).

необязательно, это для снижения пошлины. Все равно назначение ставим - научное издание

По нумерации. Если Рокомнадзору обещали, что будет шесть номеров в год, то очередной номер будет иметь нумерацию от «1» до «6» (или «январь – февраль», «март – апрель» и т. д.). Если же это «спецвыпуск», то он будет иметь номер «7», или «2015-спец» или еще чего-нибудь такое.

P.S. Встречал журнал, который при шести номерах в год умудрился 13 выпустить, причем не «спец», а регулярных.

Это не проблема. Более того, не проблема показать, что их на самом деле было 6.

kravets, это Вы на «номер 6 том 1» и «номер 6 том 2» намекаете? Там такого не было. Там было именно «№1 (201)», «№2 (202)», ..., «№13 (213)».

Как минимум предупреждение от Роскомнадзора. Если найдут.

kravets, а им, похоже, пофигу. Особенно в свете ближайшего слияния. Кстати, главред надеется, что они:
1) останутся жить;
2) попадут в новый список ВАКа.

Дела об административных правонарушениях в данном случае открываются и рассматриваются Роскомнадзором в отношении главного редактора, бывшего таковым на момент совершения нарушения.

kravets, а реально РКН кого-нибудь наказывал?

Да. Меня, например, за несоблюдение требований закона о СМИ в части обязательной простановки даты выхода издания в свет.