2 организации в автореферате
 

На 2й странице автореферата могу ли быть указаны 2 организации в которых была выполнена диссертация?

Вряд ли. Организация указывается на основании документа, который подписывается руководителем и заверяется гербовой печатью.
Двух комплектов подписей и печатей на таком документе быть не может.
Равно как и двух таких документов быть не может.

К сожалению, придется выбирать.

(К сожалению потому, что организации, при которых создан диссовет, часто правдами и неправдами вынуждают диссертанта формально перейти в их епархию, хотя диссер в реале выполнялся совсем в другом месте).

Бывает. Например, здесь вот так было http://www.spiiras.nw.ru/dissovet/info-toropova/

Судя по заключению, как раз было две подписи и печати

Значит, может. Я ошибся.

Но в тех случаях, с которыми я сталкивался, это было бы, пожалуй, затруднительно.

Спасибо!