Опубликуют ли такую статью?
 

Дано:
теория А, описывающая объект на микроуровне
теория Б, описывающая объект на макроуровне

объединение двух уровней в одну теорию для описания объекта и моделирование объекта, согласно этой обощенной теории, не согласуется никак с экспериментальными данными

Выводы:
- одна из теорий, либо обе - не верны
- объединение теорий по предложенному методу не описывает корректно объект и, следовательно, такой метод объединения не верен (в случае, если система - двухкомпонентная)
- объединение объединение теорий по предложенному методу не описывает корректно объект, так как объединенная теория, адекватно описывающая объект, должна иметь больше чем два компонента (неоходимо дальнейшее изучение объекта)
____________________________
Вышеописынное относится к сильно фундаментальной науке
Теории А и Б - имеют широкое хождение на данном этапе развития направления
____________________________
Вопрос - имеет ли смысл вообще писать такую статью? возьмет ли нормальный журнал ее для публикации?

Конечно, пишите! Это так называемая "проблемная статья", которую с удовольствием опубликует нормальный научный журнал.