Ссылки, но не на тот источник?
 

Что ссылка в диссертации не на того автора? Например: сменился список литературы, старый был утерян и нет возможности его востановить. В тексте стоят ссылки на старый список литературы. Плагиата не будет т.к. ссылки сделаны, но вот не на того автора????? Ваше мнение???

Это ваши проблемы. Ссылки должны соответствовать списку.

ну единственное, что сразу приходит в голову:
Переделать диссертацию - исправить ссылки на литературу. После этого обойти всех, кто получил вашу работу и поменять на новый вариант. Это библиотека вуза, дис.совет, НР, оппоненты, ведущая и др. если есть

Добавлено через 38 секунд
Но вообще ошибка очень существенная, старайтесь всеми силами ее устранить!

Детский лепет какой-то.
Из серии "курсовой я написал, но собака погрызла мой винчестер".

Интересно, а какое мнение, кроме того, что нужно все переделать, соотнеся все отсылки в тексте с правильными источниками в списке, Вы хотите услышать? Какое оно еще по данному вопросу, если соискатель степени - человек вменяемый, может быть?