публикация до включения журнала в ВАК
 

Ситуация такова. В списке ВАК электронный журнал увидел сейчас в 2010 году http://num-meth.srcc.msu.su/ (Вычислительные методы и программирование ...) А статья опубликована ранее в 2006 году. Пойдет эта статья в зачет или нет, с точки зрения ВАК?

Нет.

Статья считается ваковской только в том случае, если она была опубликована в ваковском журнале во время его пребывания в списке ВАК.

Хотя как просто публикация (например, для конкурса) она вполне себе учитывается