Таким образом, библиографическая информация будет дублироваться. Наверное, это не страшно, зато неудобно лично вам: нужно следить, чтобы два описания одного и того же источника не конфликтовали в сноске и в списке. При переделке библиографии под конкретный ГОСТ (7.1-2003 или 7.0.5-2008, идут дискуссии, смотрите
вот эту тему) можно запросто где-нибудь напутать.
Я в тексте диссертации не сделал ни одной подстраничной сноски, хотя источников было гораздо меньше, чем у вас. А вот в автореферате сноски были.