Всё правильно.
Речь идёт о том, что каждый журнал, включенный в перечень ведущих периодических изданий, как бы закреплен за определенным экспертным Советом ВАКа или советами (такое тоже бывает).
Т.е. по сути, опубликованная статья в ваковском журнале, будет засчитана только в том случае, если данный журнал влючён в перечень по специальности экспертного совета или советов.
Проще на примере: если Ваша диссертация будет рассматриваться на экспертном совете по экономике, но при этом одна из статей у вас опубликована в журнале, например, "Химическая промышленность и производство", который включен в перечень по специальностям представляемым экспертным советами ВАК, например, "по управлению, вычислительной технике и информатике"
такая статья не будет засчитана.
Основание: вот
это письмо.
Журналы очень неохотно идут на публикацию этих данных.