1. Всероссийские конференции - это не тот уровень солидности

) Я имела в виду международные, проходящие за границей. Там Вы обязаны подписать такую бумагу. Если Вы издаете книгу за границей - тоже самое. Такая же бумага и в издательстве МАИК - т.е. РАНовском.
2. Вы можете равзернуть в отдельных работах как угодно то, о чем вы в статье кратко отметили. Контракт предполагает, что Вы не можете послыать ИМЕННО ЭТУ статью в другие издания, и в материале должны быть новые результаты. Результаты (хотя бы один) должны быть новые, т.е. ранее нигде не публиковаться. Далее обсуждайте , где угоджно свом результаты. издательство не имеет к вам претензий.
3. Пантент на подсистему - это енсерьезно. Серьезно патент на систему. Патентовать какой-то кусок .. я не уверена, что это можно. Патенуется что-то цельное. Патентовать сситему Вы моежет без проблем, независимо от того, что там издаете.
4. Издательство МАИК - это серьезно. Вы бы попробовали вначале сделать так, чтобы Вашу статью приняли .. а уж потом волноваться о таких вещах.