Вопрос интересный на самом деле, но подозреваю, что большинство столь сложными вопросами не задаётся.
Мое мнение (основанное на давних попытках выработать такого рода подходы) на сегодняшний день таково: система сбора и каталогизации информации критически сильно зависит от склада характера конкретного человека. Иными словами, если человек по натуре "архивариус", то система сложится у него сама собой, возможно, с некоторыми изменениями по ходу дела. Если же нет... Ну тогда мы будем иметь то, что имеют многие наши коллеги: книги с многочисленными закладками на полках, стопки журналов со столь же многочисленными закладками, пачки вырезок, ксерокопий и компьютерных распечаток во всех ящиках стола и в дополнение кучу компьютерных файлов в самых разнообразных форматах и с самым разным содержанием.
Попытки сделать из всего этого сколько-нибудь упорядоченную систему успеха обычно не достигают.
Боюсь, что именно это -- наиболее типичный вариант.
Вариант картотеки с выписками из книг и упорядоченной системой ссылок на источники предлагает, например, Умберто Эко в книге "Как написать дипломную работу". У нас есть
http://www.aspirantura.spb.ru/books/4.html краткий обзор этой книги. Однако, система Эко подойдет далеко не каждому -- по той самой причине, которую я изложил выше: не все смогут заставить себя систематически и аккуратно заполнять картотечные карточки на каждый исследованный источник.