У научного руководителя позиция очень странная на этапе выпуска аспиранта - "нейтральная".

Я, конечно, самостоятельных аспирантов очень ценю, но, вроде, уж последний вариант автореферата с научным руководителем проработать - святое дело. Тем более, если у председателя диссертационного совета есть серьезные претензии. В том числе, и по оплате