Здесь материалы семинара для ученых секретарей (Пушкин) по интересующему вопросу
www.psksu.ru/page/download/4016/file/3189/as/
"Что считается учебно-методической публикацией при присвоении ученых степеней и званий?
Учебники, учебные пособия, методические указания, лабораторные журналы, программы семинаров, конспекты лекций и рабочие тетради, прошедшие РИО."
Наше вузовское издательство тоже метод. ук. ISBN не присваивает.
А здесь
http://www.bookchamber.ru/content/isbn/infoisbn.html указано, что
"ISBN не присваивается следующим видам изданий:
...
– учебные планы и программы, учебно-методические издания, предназначенные для распространения среди учащихся данного учебного заведения;"
Если такие трудности именно с методичками (договариваться со своим издательством о перевыпуске), то может быстрее издать пособие (курс лекций с вопросами) с привоением ISBN. И новая публикация будет, и, наконец-то, формальные требования для звания будут выполены.