Dif, почитайте эту тему, к которой я подклеил ваш вопрос, или одну из предыдущих частей (см. ссылки в первом сообщении сверху), вопрос обсуждался. Вкратце -- если вы защитились, никуда вас забрать не могут. Военкомат может сколько угодно рассуждать о том, чего у них там "прокатывает" или "не прокатывает", но правда в данном случае на вашей стороне.
Кандидатом наук вы становитесь не с момента вручения диплома, а с момента успешной защиты. Ну, а кандидатов у нас не призывают. Возможно, придется в данном конкретном случае свои права поотстаивать, но в армию идти по любому не рассчитывайте.