про специализированные магазины научной литературы даже и не знаю.
можно "не выходя из дома"

попробовать поискать книги по вашей тематике в каталогах крупных книжных московских магазинов
вот те , которые сразу вспомнились -
тд книги "москва"
http://www.moscowbooks.ru/
сеть московский дом книги
http://www.mdk-arbat.ru/ и специализированные филиалы
http://www.mdk-arbat.ru/shops.aspx?SID=0&TP=2
тд библио-глобус
http://www.biblio-globus.ru/default.aspx
еще есть такой огроооомный магазин книжный (супермаркет) Литера, но есть ли там наука

Букинистические отделы (те, что знаю) - отдел в доме технической книги (станция метро «Ленинский Проспект»), в доме книги на арбате и в библио-глобусе. про букинист на арбате уже не помню, что там и как. в технической книге нормально, а в букинисте глобуса маловато учебной и научной литературы и как-то дороговато показалось.
а еще я слышала, но там не была, где-то в главном корпусе МГУ есть букинист (если до сих пор есть) и на физическом (или физ-мат ?) факультете продажа старых фондов библиотеки. но это не точная информация.
удачной поездки