Ksyusha, что касается избавления от проблем - тут Вы абсолютно правы.
Что касается литературы по LyX на русском - к сожалению мне таковая пока не попадалась - хоть самому пиши :-)
К сожалению не могу ничего внятного посоветовать по поводу взаимодействия MikTeX & LyX так как работую под GNU/Linux, а там проблем с зависимостями и установкой не бывает - всё необходимое устанавливается автоматически.
Могу разве-что посоветовать установить какой-нибудь из вариантов (дистрибутивов) GNU/Linux, ориентированных на пользователя: Ubuntu (сам пользуюсь), Fedora, OpenSuse.
Если всё в порядке с английским можно попробовать задать вопрос в форуме\списке рассылки разработчиков
http://www.lyx.org/MailingLists