Сначала бы попытался выяснить, за что именно и кому именно мне предлагают заплатить. Есть расходы, от которых тяжело отказатсья (банкет после защиты, подарки потенциальным оппонентам и представителям ведущей организации и т.д. - если мы говорим о неформальных расходах). В случае формальных расходов - в ряде вузов есть официальные расценки на организацию защит. Но вот если Вам предлагают заплатить "мимо кассы" некую сумму непонятно за что и енпонятно кому - то следует насторожиться - как минимум;-)
Кстати, вот полезная ссылочка:
http://vak.ed.gov.ru/ru/answers/faq_...&id4=114&i4=30
Только, Вы же понимаете - одно дело закон, другое дело - местная специфика...