Если исследование Ваше прикладное, то когда встанет надобность в актах о внедрении, патентах и прочем внедреже, требующем знакомства руководства с Вашей работой, у последнего могут быть к Вам нехорошие вопросы по части тайных публикаций поперек политики Вашей организации. Зарекаться, что помощь руководства не понадобится в решении бюрократических формальностей при подготовке к защите, как бы тоже не надо. Если Ваши политические способности позволят оправдать подпольную деятельность (как это сделал я

- ради бога

А на место работы по моему вообще никто не смотрит
Хотя может, у экономистов с этим проще, не знаю