В порядке оффтопика: хочу предостеречь от ссылок на "Положение..." в том виде, как оно опубликовано на сайте ВАК.
Там у них устаревшая недействующая редакция, измененная (что касается конкретно пункта 41 например) еще в 2006 году.
Хорошо, что в данном случае смысл кардинально не поменялся, в актуальном тексте выброшено слово "президиумом" из второго предложения. Это, конечно, важно, но в контексте обсуждаемого вопроса особого значения не имеет.
Это я к тому, что, пока мы тут ломаем копья над юридическими нестыковками (а такая нестыковка, точнее, неясность, безусловно, присутствует) -- на оф.сайте даже некоторые принципиальные нормативные акты лежат в устаревшем виде. Увы.
Здесь было бы неплохо иметь официальное разъяснение по поводу даты начала начисления доплат. А вообще, насколько я могу судить, более распространенная практика такова, что доплата пойдет с момента утверждения ВАКом. Просто потому, что с точки зрения бухгалтерии текст "вступает в силу с даты принятия" из п.41 более весом, чем "присуждается диссоветом" из п.5 Положения. Кому пересчитали с момента защиты, тем, в общем-то, повезло.