Критерии "лучше" не очень понятны.
Я сам закончил ВМиК (МатКиб), но защищался в МИЭМ в качестве соискателя.
На мой взгляд ВМиК более "на слуху" чем ВЦ РАН. Хотя и то и то безусловно уважаемые заведения. Научник один и тот же (в смысле у него два места работы) как я понимаю? Тогда наверное надо идти туда где он бывает чаще. Ну и ВМиК учебное заведение все-таки, а ВЦ РАН научное. Поэтому программа обучения аспиранта будет несколько различаться.
Я бы при прочих равных пошел на ВМиКашную аспирантуру (закончил вмк, защитился на вмк -- вполне достойно), но я не знаю всей вашей ситуации (где научник чаще бывает, нравится ли семинары у студентов вести, куда ездить удобнее в конце концов).