При подмене заведующая может попытаться все-все минусы диссертации вынести
В итоге голоса против дополнительные появятся. Так что лучше, если есть конкретные пожелания, а не просто "никуда не годится - переделать", то прислушаться, в тексте диссертации и автореферате сделать акценты нужные на старые варианты. Иначе вот так и рассоритесь, со справкой можно и пролететь.