Ничего не может. Где Вы работаете и как совмещаете работу с учебой - их это вообще не касается.
Как Вы узнали об этом письме? В ректорате оно на кого-то возымело действие? Если нет, то Вы напрасно беспокоитесь. Никаких причин отчислить Вас из аспирантуры - нет. Письмо из военкомата незаконно. Если они так себя ведут, имеет смысл написать жалобу в прокуратуру. Чтоб знали на будущее, что не на дурака нарвались.
Если ВУЗ имеет какие-то возражения против совмещения учебы и работы - решите этот вопрос. Но только в том случае, если он стоит, в ВУЗе знают о Вашем совмещении и имеют какие-то претензии! Иначе незачем поднимать этот вопрос. Если он актуален - можно попросить в отделе аспирантуры справку о том, что Вам разрешается совмещать учебу с работой. Либо перейти на работе на совместительство, если это возможно.
У нас есть специализированные темы по тем вопросам, которые Вы задали. Например эта:
http://aspirantura.spb.ru/cgi-bin/ib...um=13&topic=78 Пишите дальнейшие вопросы об армии туда.