Еще могут быть такие:
1. Не соответствие списка литературы ссылкам в тексте.
Присутствовал на защите, когда первый оппонент сказал: "В списке источников 135 наименований, а в тексте ссылки только на 133..."
2. Не соответствие выводов в диссертации задачам. Написано пять задач, так и выводов пять. Хотя тут можно поспорить о несущественности. Это важный факт, на мой взгляд.