Вообще, конечно, ссылаться на самого себя явно не комильфо.
Бтв, у меня были свои публикации в списке литературы и ссылки на них были ТОЛЬКО во введении в разделе "Публикации"
Вот, даже текст покажу кусочек:
"Публикации. По материалам диссертационной работы имеется 8 публикаций в различных Российских научных журналах: «Системы управления и информационные технологии» [28] (рекомендован экспертным советом ВАК по управлению, вычислительной технике и информатике); «Кремлевская медицина. Клинический Вестник, раздел: Медицинская информатика» [1], [2], [18], [27], [55] (рекомендован экспертным советом ВАК по медицине); «Информационное общество» [17]; «Информационные технологии моделирования и управления» [26]. Кроме того, результаты диссертационной работы включены в Отчет о научно-исследовательской работе «Разработка системы электронного обмена стандартизованными документами на основе Интернет- и Интранет-порталов» для ускорения документооборота в медицинских учреждениях страны (№ ГР 01 2006 01039)"...
ну и т.д.
Больше нигде в работе ссылок "на себя" не было.
Кстати, к моменту защиты число публикаций по теме увеличилось до 12 вроде -- правил только форму 16 (в ней были и статьи по смежным темам, т.е. итого штук 20 что ли к моменту защиты), диссер и автореферат не трогал.