Straider, не очень понятно, как ваши вопросы по публикациям относятся к поступлению?
По пунктам.
1. Смотрите FAQ в теме
Публикации к защите там есть ссылка на список ВАК и дополнительные разъяснения.
2. Не существует такого общего списка, все будет решаться на уровне вашего взаимодействия с научным руководителем, ну и далее в процессе утверждения темы. Если у вас уже есть какая-то "любимая" тема, возможно, ее придется изменить под необходимые требования.
3. В общем-то, без разницы. Если у вас пока еще нет наработок и готовых публикаций, то этот вопрос, опять же, будете решать с вашим научным руководителем. Если случится так, что он этот вопрос обсуждать не захочет в силу большой занятости или по иным причинам, значит, будете публиковаться там, где получится (включая одну на текущий момент статью в журнале из ваковского списка).
Вообще, изучайте подраздел
Публикации форума, там много различной информации.