Судя по всему научный руководитель непрозрачно намекает, что надо бы "научным рабом" на кафедру устроиться. А то "научной деятельности" не будет и защищаться бессмысленно - злобный ВАК не пропустит.
На самом деле все это полная туфта - вероятность проблем в ВАКе связана со специальностью и тем, какие отношения у ВАКа с Советом.