Ink, по-моему, тут однозначно сложно сказать.
Например,
 
	Цитата:
	
	
		| 
					Сообщение от Ink  # В работе мало практического материала. | 
	
  -
может быть вполне существенным недостатком.
	Цитата:
	
	
		| 
					Сообщение от Ink  # Недостаточная обоснованность утверждений, выводов.# Необоснованность приближений или точности измерений.
 | 
	
  - 
вот это тоже, на мой взгляд, достаточно существенные.
Несущественные же недостатки в студенческой работе (те которые не сильно сказываются на общей высокой оценке), как мне кажется: 
- частичное нарушение логичности (это уже отметили),
- неполная аргументированность выводов по параграфам, например,
- излишне дробная структура или наоборот,
- и другие подобные. 
Однако если таких несущественных недостатков много, то они рискуют превратиться уже в весьма и весьма существенные.