Ну, ВАК как был, так ВАКом и остался (я не ошибаюсь?

), а вот письмо, которое раньше адресовалось "Председателю ВАК Министерства образования РФ", теперь, в виду смены вывески, видимо, надо адресовать "Председателю ВАК Федерального агентства по образованию и науке РФ". Короче,
zubrilka, спросите вашего секретаря. Он обязан это знать, так как регулярно с представителями ВАКа общается.