[fazotron]

Valery
На половину вопросов вы уже ответили сами
Научный руководитель не обязательно должен работать в организации, где выполнялась работа
В вашем случае такой организацией является вуз, где вы в аспирантуре и аспирантуры, между прочим обязанность прикрепить вас к соответствующей кафедре (отделу)
Укажите в автореферате только вуз, апробацию (предзащиту) - от той кафедры, которая вас берет на эту предзащиту.
Собственно, вам от этой кафедры больше ничего и не нужно