[fazotron]

Andriy, все не так плохо, скорее даже обычно.
Автореферат надо переделать под совет безусловно. Возьмите 3-4 последних автореферата, сделайте структуру по ним.
По остальным пунктам:
1. Приезд за неделю - обычная практика, моим аспирантам бывало, хватало 3 дней, но это если почти все готово. Две недели после защиты - для подготовки документов в ВАК и всех рассылок (обычно хватало недели)
2. Повторная сдача обычно действительно требуется, если другая специальность, но иногда в вузе встают в позу - пытайтесь договариваться.
3. И в автореферате (на 2-ой стр обложки вверху) и в диссере пишется организация, в которой выполнена работа. Это действительно принципиальный вопрос - вы же должны представить в совет и справку организации, в которой выполнена работа. С этим связано и ФИО НР. Тут нужны переговоры вашего НР с советом (или на более высоком уровне)