http://slil.ru/29406984
Как видите проблема только в формулах. Всё остальное fine reader распознал "на ура" без какой-либо доработки напильником. Кстати, обратите внимание на наличие орфографических ошибок в работе. И на вскидку: идея ваша не нова, её реализацию я еще в СССР помню.