Посмотреть надо, где предполагаемый НР своих аспирантов и соискателей защищает. В нашем городе нет Совета по физ-мат. наукам (бедно мы живем
), ряд ведущих профессоров в абсолютно нормально режиме защищает своих аспирантов в более крупных научных центрах, где они являются членами Советов, и все хорошо. А если Совет не в Вашем вузе, но в том же городе, и НР - его член, то и вовсе особой разницы нет. Учитывать, наверно, надо даже не столько наличие Совета в своей организации, сколько защищаемость аспирантов и соискателей у Вашего НР. А то можно при наличии своего Совета попасть к НР, который со всеми конфликтует, или просто не имеет веса, и не защититься.