JoeBlack, в gretl это фильтр работает именно так как задумано его создателями: выделяет тренд и циклическую составляющую и из данных.
В сумме эти два компонента дают исходные данные.
Основная решаемая задача -- выделение тренда или отклонения от тренда для последующего анализа.
Достаточно подробно описано вот тут:
http://en.wikipedia.org/wiki/Hodrick...rescott_filter