Про программу и ее использование можно прочитать статью на
http://www.improvement.ru/zametki/thebrain/index.shtm, там же на
форуме см. обсуждение на тему.
Пробовал строить структуру проекта со всякими мыслями, прикрепленными файлами и пр. - пока не очень прижилось, но не бросил. Основной недостаток - нельзя увидеть все дерево записей на одном листе.
А как база для хранения мыслей мне кажется более удобным outlook.