Сам я с графами не работаю, так что навскидку:
Здесь:
http://www.graphviz.org/ Оно же, но с сильным бухгалтерским акцентом и по-русски:
http://www.mista.ru/dot/ Какие-то алгоритмы и исходники к ним, плюс статьи:
http://algolist.manual.ru/maths/graphs/index.php
В общем, нужно просто искать и смотреть, подходит ли найденное под конкретную задачу.
PS. Эта тема, само собой разумеется, уйдёт в раздел Software.